Oxford Nanopore Technologies Sequenzierungsplattform / Geräte- und Verbrauchsmittelbeschaffung GridION Sequenzer Referenznummer der Bekanntmachung: 080.V.21.137
Bekanntmachung vergebener Aufträge
Ergebnisse des Vergabeverfahrens
Lieferauftrag
Abschnitt I: Öffentlicher Auftraggeber
Postanschrift:[gelöscht]
Ort: Jena
NUTS-Code: DEG03 Jena, Kreisfreie Stadt
Postleitzahl: 07747
Land: Deutschland
Kontaktstelle(n):[gelöscht]
E-Mail: [gelöscht]
Telefon: [gelöscht]
Fax: [gelöscht]
Internet-Adresse(n):
Hauptadresse: https://www.uniklinikum-jena.de
Adresse des Beschafferprofils: https://www.uniklinikum-jena.de/stabsstellevergabe.html
Abschnitt II: Gegenstand
Oxford Nanopore Technologies Sequenzierungsplattform / Geräte- und Verbrauchsmittelbeschaffung GridION Sequenzer
Im Rahmen der Bekämpfung der SarsCoV -Pandemie wird seit Februar 2021 die Gerätemiete und die Beschaffung notwendiger Verbrauchsmittel für einen GridION Sequenzer der Oxford Nanopore Technologies, Oxford UK durch das Bundesministerium für Forschung und Bildung gefördert und die SarsCoV-2
Sequenzierung über die Kassenärztliche Vereinigung KV vergütet.
Die Notwendigkeit zur Fortsetzung der SarsCoV-2 Sequenzierung besteht pandemiebedingt weiter, sodass der Projektträger VDI Mittel zur Gerätebeschaffung zur Verfügung gestellt hat. Darüber hinaus sind weitere Forschungsaktivitäten im Rahmen des bereits genehmigten Forschungsprojektes LPI mit diesem Gerätesystem
vorgesehen.
Universitätsklinikum Jena Am Klinikum 1 07747 Jena
Die Notwendigkeit zur Fortsetzung der SarsCoV-2 Sequenzierung besteht pandemiebedingt weiter, sodass der Projektträger VDI Mittel zur Gerätebeschaffung zur Verfügung gestellt hat. Darüber hinaus sind weitere Forschungsaktivitäten im Rahmen des bereits genehmigten Forschungsprojektes LPI mit diesem Gerätesystem
vorgesehen.
Mittels der Nanopore Technologie kann die mRNA direkt sequenziert werden, was das Hauptaugenmerkmal der im LPI zu etablierten Plattformen sein soll. Außerdem ist diese Technologie mit dem MinIon portabel. So können auch Studien zu Nutzung dieser Technologien als Vor-Ort-Diagnostik durchgeführt werden. Hier ist bereits eine
Studie in Zusammenarbeit mit dem Plazentalabor in Bearbeitung. Das IIMK hat bereits die MinIon Technologie im Labor etabliert und entsprechende Algorithmen für die Datenprozessierung und Auswertung erarbeitet und erprobt. Das GridIon Gerät ist mit diesen bioinformatischen Pipelines vollständig kompatibel. Hierbei ist
festzuhalten, dass die erzeugten Daten nicht beliebig austauschbar und nutzbar in solchen Pipelines sind. Die GridIon stellt eine Erweiterung der Sequenzierungskapazität der bereits im IIMK-Labor etablierten und breit genutzten (auch in der Coronadiagnostik, mikrobiologischen Diagnostik und Hygiene) Sequenzierungsplattform
dar.
Gegenstand des Vergabeverfahrens war damit die Geräteübernahme des Mietgerätes in den Bestand des UKJ und der Abschluss eines Rahmenvertrages über die notwendigen, nur vom Gerätehersteller Oxford Nanopore Technologies, Oxford UK zu beziehenden Verbrauchsmittel.
Abschnitt IV: Verfahren
- Die Bauleistungen/Lieferungen/Dienstleistungen können aus folgenden Gründen nur von einem bestimmten Wirtschaftsteilnehmer ausgeführt werden:
- nicht vorhandener Wettbewerb aus technischen Gründen
- Zusätzliche Lieferungen, deren Beschaffung den strengen Vorschriften der Richtlinie genügt
Die ONT Plattform erkennt auch die in der Pore befindliche DNA anhand eines Echtzeit-Abgleiches gegen eine Referenzdatenbank und entscheidet eigenständig, ob dieses DNA-Fragment weiter sequenziert wird oder ob die Pore Umgepolt wird und die DNA wieder entfernt wird (Depletion/Enrichment). Das ermöglicht eine Selektive
und damit deutlich sensitive Sequenzierung z.B. vom Mikrobiomen in humanen Proben bei gleichzeitiger Reduktion der Humanen-Genomsequenzen.
Mittels der Nanopore Technologie kann die mRNA direkt sequenziert werden, was das Hauptaugenmerkmal der im LPI zu etablierten Plattformen sein soll. Außerdem ist diese Technologie mit dem MinIon portabel. So können auch Studien zu Nutzung dieser Technologien als Vor-Ort-Diagnostik durchgeführt werden. Hier ist bereits eine
Studie in Zusammenarbeit mit dem Plazentalabor am Laufen. Das IIMK hat bereits die MinIon Technologie im Labor etabliert und entsprechende Algorithmen für die Datenprozessierung und Auswertung erarbeitet und erprobt. Das GridIon Gerät ist mit diesen bioinformatischen Pipelines vollständig kompatibel. Hier muss man
verstehen, dass die erzeugten Daten nicht beliebig austauschbar und nutzbar in solchen Pipelines sind. Die GridIon stellt eine Erweiterung der Sequenzierungskapazität der bereits im IIMK-Labor etablierten und breit genutzten (auch in der Coronadiagnostik, mikrobiologischen Diagnostik und Hygiene) Sequenzierungspalform dar.
Diese Plattform funktioniert aber nur mit der entsprechend auf die Nanoporen abgestimmten Chemie und Probenvorbereitung sowie den speziellen Flowcells. Die Flowcelles sind das Herzstück der Technologie, denn sie beinhalten die Nanoporen selbst. Die Flowcells können und werden auch mehr als einmal verwendet, was die Kosten wieder reduzieren hilft, aber es handelt sich um biologische Systeme, die irgendwann einfach absterben. Daher sind die Flowcells als Verbrauchsmaterial eingestuft. Zusätzlich werden spezielle Adaptoren
und Barcodes an die zu sequenzierende DNA anligiert, die der Erkennung durch die Pore dienen und der IP unterliegen. Darum sind einige Bestandteile der Verbrauchsmaterialien nicht beliebig austauschbar. Als Berechnungsgrundlage, muss aber auch berücksichtigt werden, dass die Reagenzien und Flowcells für mehr
als ein Experiment ausreichen und je nach dem welches Flowcell-bundle abgeschlossen wurde, der Preis der Flowcells deutlich variiert.
Die Alleinstellungsmerkmale der ONT können damit wie folgt zusammengefasst werden:
1. Ein Long-Read Sequenzer, das in der Lage besonders lange DNA Berieche zu sequenzieren (bis 1 Mb)
2. Single-Molekül-Erkennung, d.h. jede Pore wird einzeln angesteuert und kontrolliert.
3. Direkt Sequenzierung (auch ohne Modifikationen oder Adaptoren) möglich.
4. Direkte Erkennung der Methylierungsmuster der DNA.
5. Echtzeit Depletion/Enrichment (Adaptive Sampling) von spezifischen Sequenzen
6. Onbord Echtzeit Base calling mit Guppy in der GridIon; bedeutet, dass weder eine lokale Infrastruktur noch eine stabile Internetverbindung benötigt wird
7. Automatischer Sequenzierungsstopp beim Erreichen einer auswertbaren Datenmenge
8. Wiederverwendbarkeit der Flowcells
9. Direkt-RNA Sequenzierung
Abschnitt V: Auftragsvergabe
Oxford Nanopore Technologies Sequenzierungsplattform /Geräte- und Verbrauchsmittelbeschaffung GridION Sequenzer
Postanschrift:[gelöscht]
Ort: Oxford
NUTS-Code: UK United Kingdom
Postleitzahl: OX4 4DQ / UK
Land: Vereinigtes Königreich
Abschnitt VI: Weitere Angaben
Der Gesamtwert der Beschaffung und des Auftrags werden zur Wahrung der Betriebs- und Geschäftsgeheimnisse des Auftragnehmers nicht bekannt gegeben. Daher die fiktive Angabe von [Betrag gelöscht] EUR.
Bekanntmachungs-ID: CXP4YYARZKU
Postanschrift:[gelöscht]
Ort: Weimar
Postleitzahl: 99432
Land: Deutschland
E-Mail: [gelöscht]
Telefon: [gelöscht]
Fax: [gelöscht]
Statthafte Rechtsbehelfe sind gemäß §§ 155 ff. GWB die Rüge sowie der Antrag auf Einleitung eines Nachprüfungsverfahrens vor der zuständigen Vergabekammer.
Eine Rüge ist an die in Ziffer I.1) genannte Vergabestelle zu richten.
Die zuständige Stelle für ein Nachprüfungsverfahren ist in Ziffer VI.4.1) genannt.
Statthafter Rechtsbehelf ist gemäß §§ 155 ff. GWB der Antrag auf Einleitung eines Nachprüfungsverfahrens vor der zuständigen Vergabekammer (Ziff. VI.4.1)).
Der Antrag ist unzulässig, soweit:
1) der Antragsteller den Verstoß gegen Vergabevorschriften im Vergabeverfahren erkannt und gegenüber dem Auftraggeber nicht unverzüglich gerügt hat,
2) Verstöße gegen Vergabevorschriften, die aufgrund der Bekanntmachung erkennbar sind, nicht spätestens bis Ablauf der in der Bekanntmachung benannten Frist zur Angebotsabgabe oder zur Bewerbung gegenüber dem Auftraggeber gerügt werden,
3) Verstöße gegen Vergabevorschriften, die erst in den Vergabeunterlagen erkennbar sind, nicht spätestens bis zum Ablauf der in der Bekanntmachung benannten Frist zur Angebotsabgabe oder zur Bewerbung gegenüber dem Auftraggeber gerügt werden,
4) mehr als 15 Kalendertage nach Eingang der Mitteilung des Auftraggebers, einer Rüge nicht abhelfen zu wollen, vergangen sind.
Postanschrift:[gelöscht]
Ort: Jena
Postleitzahl: 07747
Land: Deutschland
E-Mail: [gelöscht]
Telefon: [gelöscht]
Fax: [gelöscht]
Internet-Adresse: https://www.uniklinikum-jena.de